Иако Светозар Марковић није био неки оштар бојовник против свештенства, његове идеје веома су негативно утицале не само на масе, за које се он борио, и на интелигенцију, него чак и на један део свештенства, које је одлазило у Радикалну странку. Већ 1871. године, 23. јула, жалио се митрополит Михаило министру просвете „на појаве које се опажају код много младих људи“. Митрополит је тражио да се заведу строжије мере против „хулитеља“ и да власти више пазе „на агенте, који распростиру по народу атеистичке мисли у циљу да произведу растројство“.
Присталица идеја Светозара Марковића било је и међу свештенством. У друштву људи, који су помагали да се набави штампарија, у којој је штампано „Јединство“ под уредништвом Светозара Марковића, био је и прота Јован Јовановић, ректор Богословије. На листи радикалних одборника, који су изабрани у Крагујевцу 15. фебруара 1876, био је и свештеник Милоје Барјактаровић, који је био таст социјалисте Маша Којића. Међу стрељаним радикалним првацима био је и свештеник Маринко Ивковић, који је примао на себе кривице млађих оптуженика само да би се они могли спасти од стрељања. У Параћину је, 1875. године, ђакон Зака Арсенијевић био скупљач претплатника на „Ослобођење“. Јован Скерлић вели да „из Београдске Богословије још за живота Марковићева, излазе читаве генерације младих попова, који ће с учитељима бити апостоли радикализма по селима, оснивачи будуће Радикалне странке у Србији“.
Песничку душу Милице Стојадиновић Српкиње веома су забрињавали ови таласи безбожја, који су се ширили Србијом. Налазећи се у Београду она је све ово непосредно посматрала и, 10. јануара 1876, писала Герману Анђелићу: Србију љубим и сад као земљу царевине наше, као мајку нашу; но по свему волела бих да нисам овде. Јер онако како ја за будућност србску, за веру и цркву осећам, није никаква срећа живети, где се вера оберучке руши и неће се земљи круна већ буди Бог с нама шта. Каже се: Ми рушимо све постојеће, ми нећемо цркву, нећемо владу, нећемо чиновнике, ми ово све рушимо и оћемо ново на тим развалинама да створимо“ (Алекса Ивић: Архивска грађа о југословенским књижевним и културним радницима, књ. IV, 1723-1887, Београд 1935, стр. 411-412).
Много радикалнији од Светозара Марковића, у односу на Цркву и на свештенство, био је Васо Пелагић. Овај чудни, често веома неуравнотежени човек, који је раније имао великих заслуга за Цркву, постао је временом оштар богоборац. Натруњен социјалистичким идејама, без образовања које је имао Светозар Марковић и без Марковићу урођене мекоте, Пелагић је био много више бунтовник него проповедник једнога погледа на свет и живот. Још у мају 1869. Пелагић је писао Антонију Хаџићу, да је готов да се жртвује за народне ствари. „Па тиме се“, вели он, „дичим, само да ми је виђети да моја драга Богословија напредује.“
Када се извргнуо у социјалисту, Пелагић је јуришао на Цркву, насрнуо на њезино учење и јерархију, којој је једно време и сам припадао и тражио да се од Цркве одузме све што је имала. Он захтева да награда свештеницима „буде она милостиња коју им буде сам народ даровао“ и да се манастири укину, а „ако царство мрака и себичности хоће да одржава још за које време чин калуђерски“, онда он предлаже цео низ реформи, које нису значиле ништа друго него пуно уништење и манастира и калуђера. Пелагић, који је и сам створио и руководио једну Богословију, сада предлаже „да се богословске и учитељске школе споје уједно и пренесу на неко велико државно, манастирско или општинско имање, где ће сви ти приправници за народне учитеље и свештенике изучавати све оно што треба сеоском народу.
Позната су имена неких свештеника који су, у разним годинама, били чланови Народне скупштине, где су јавно иступали против Цркве. У народној’ скупштини, изабраној 6. августа 1871, свештеник Коста Поповић је тражио пуну слободу штампе. Васо Пелагић је био међу онима који су потписали проглас прве, социјалистичке, политичке групе, која се јавила 12. августа 1871. године. Један од потписника овога прогласа, Јеврем Марковић, брат Светозара Марковића, тражио је да се манастирска добра предају народу, а манастири претворе у цркве. На манастирском добру требало је подигнути земљорадничке и занатске школе, а оставити само шест манастира да у њима живе калуђери. Овај је предлог, касније, поновио Вељко Јаковљевић са 16 посланика. Јован Бошковић. предлагао је, 19. децембра 1875, да се цркве прогласе за својину народа и црквене општине и да те општине располажу црквеним новцем и приходима76. Лист „Старо ослобођење“ нападао је веру и династију. И у аферу „црвеног барјака“ у Крагујевцу били су умешани свештеници, а међу стрељанима због „Тополске буне“ био је и свештеник Панта Поповић из Азање. Истакнути радикали-свештеници били су и Никола Крупежевић и Марко Богдановић. Свештеник Маринко Ивковић, који је стрељан на Краљевици због Тимочке буне, тражио је да се укину Духовни судови, а брачне спорове да суде Окружни судови под председништвом окружног проте или једног свештеника77. Вељко Јаковљевић и Марко Богдановић тражили су, 25. јануара 1881, да се калуђерски ред укине, да се манастири претворе у цркве и да се манастирске парохије предају свештеницима. Историјске манастире требало је да чува држава, а досадашњим калуђерима да се обезбеди издржавање до краја живота из манастирских прихода. Калуђерски подмладак не би био дозвољен.
